Η Ακρόπολη της Ονιθές, ένα φρούριο της Ελληνιστικής εποχής, που πιθανώς χρονολογείται από το 1400 π.Χ., καταλαμβάνει στρατηγική θέση στο οροπέδιο της Ονιθές σε υψόμετρο 638 μέτρων. Ο χώρος διαθέτει τείχος που περικλείει μια ορθογώνια έκταση με πλευρές 12 μέτρων και λείψανα αμυντικού πύργου. Ένας απότομος, φυσικός γκρεμός σχηματίζει το νότιο όριο της ακρόπολης. Η τοποθεσία του χώρου παρείχε έλεγχο σε καίρια περάσματα και πρόσβαση στον οικισμό, υπογραμμίζοντας τη στρατηγική του σημασία στην αρχαία Κρήτη. Ευρήματα κεραμικής υποδηλώνουν την πιθανότητα παλαιότερων φάσεων εγκατάστασης που χρονολογούνται στην Πρωτομινωική και Υστερομινωική περίοδο. Η ακρόπολη, που αναφέρεται τοπικά ως «Ντάπια», που σημαίνει οχύρωση, πιθανότατα έπαιξε ρόλο στις κρητικές εξεγέρσεις του 1821, 1878 και 1897.

Η παλαιοχριστιανική βασιλική στην Ονιθέ, κτίσμα τέλους 5ου-αρχών 6ου αι., παρουσιάζει στοιχεία Πρώιμης Βυζαντινής αρχιτεκτονικής. Τρίκλιτη κατασκευή 36x17μ., με διατεταγμένα κλίτη, ημικυκλική αψίδα, σύνθρονο και ψηφιδωτά δάπεδα. Είσοδος από νότιο πρόστωο οδηγεί στον νάρθηκα. Χώροι γύρω από το ιερό πιθανόν λειτουργούσαν ως παστοφόρια. Μεταγενέστερο παρεκκλήσι εντός, αλλοιώνει μέρος ιερού. Χαμένα γλυπτά, μικρά ευρήματα κεραμικής, γυάλινων λύχνων. Βασιλική ενισχύει την άποψη διαρκούς κατοίκησης & θρησκευτικής σημασίας της Ονιθές κατά την Πρώιμη Βυζαντινή περίοδο.